La sede di Botanica ospita erbari storici chiusi di importanza internazionale e di inestimabile valore scientifico. Sono detti "chiusi" perché conservati nella dimensione e struttura in cui furono acquisiti originariamente.
Erbario Anonimo Toscano già Erbario Merini (1543-45) – uno dei primi erbari al mondo
Erbario Cesalpino (1563) – il primo erbario sistematico al mondo
Erbario Micheli-Targioni (inizio 1700 - metà 1800)
Erbario Webb (fine 1700 - fine 1800)
Erbario Beccari della Malesia (1865-1878)
Erbario Beccari delle Palme (fine 1800 - prima metà 1900)
Erbario Pichi Sermolli (1900)